前にSIXAXISをPCにUSB接続するという内容で記事を書きましたが、
別の方法を教えていただいたので、こちらで紹介しておきます。
なお、この内容は私が行った過程を元に記述したものですので、
問題が生じても責任はとりかねます。
また、別のWEBサイトを参考にして動作確認を行っただけなので、
質問には答えられません。ご了承ください。

では方法ですが、こちらのページで紹介されている方法を使います。
PS3 の SIXAXIS (DUALSHOCK3) を Windows PC で "簡単" に使う。
一番目はいままでの方法が書かれていますが、二番目の方が新しい接続方法です。
方法は上記のページを見ていただければいいのですが、
http://www.codeproject.com/KB/mcpp/wiredps3axis.aspx
からインストーラーをダウンロードして、インストールします。
これであとはSIXAXISを接続した状態でインストールしたDriverLoaderを起動し、
LoadDriverのボタンを押せば完了です。次回からは接続すればそのまま使えるはずです。
この方法の利点として、接続毎にわざわざソフトを立ち上げる必要がないことと、
十字キーが今までの方法だとボタンとして認識されてしまいましたが、
今回のドライバではちゃんとハットスイッチとして認識してくれます。
ゲームによっては、カーソルなどに割り当てる際、
ハットスイッチでないと割り当てられないことがありますが、この方法では大丈夫です。


これでUSB接続なら不自由はないです。
後はBluetooth接続ができれば文句なしです。
しかし、探していたらBluetooth接続をしているページを見つけました。
PS3のコントローラをPCでも無線接続で使う方法
ただし、この方法は私がBluetoothのアダプタを持っていないため実際に行っていません。
なので責任はとれませんので、自己責任でお願いします。
これがうまくいけばSIXAXISもようやくBluetoothで接続できますね。
またアダプタを購入したらやってみたいと思います。
もう少し簡単にBluetooth接続できればいいんですけどね・・・。

追記：
現在Btsixのバージョンが上がり、
Bluetoothでも比較的簡単に接続ができるようになりました。
また、PlanexなどではSIXAXISに公式で接続できるものもあるそうです。
上記の斜線部分の方法は今となっては古い情報なので、非推奨です。
ご了承ください。